Warto pamiętać, że bagaż rejestrowany linii lotniczej Air Malta nie może wynosić więcej niż 32 kg. Waga bagażu jest zatem z góry narzucona przez przewoźnika. Podróżując klasą ekonomiczną, możemy przewoźnik jedną sztukę bagażu do 32 kg, natomiast, jeśli zakupimy bilet lotniczy Air Malta w klasie biznesowej, możemy zabrać dwie walizki po 32 kg każda. Każdy nadbagaż trzeba opłacić według cennika, warto zatem sprawdzić dokładnie przed samym wylotem, ile waży dana walizka lub torba podróżna. W przypadku zgubienia bagażu lub cennych przedmiotów wystarczy, że zgłosimy się do obsługi, pracownicy linii Air Malta zajmą się z dokładnością naszą sprawą.
Linia lotnicza Air Malta wprowadziła także restrykcje związane z przewożeniem bagażu podręcznego. Zostały ściśle określone wymiary i waga walizki, a także miejsce jej przechowywania. Bagaż podręczny Air Malta musi mieć wymiary 40 x 55 x 25 cm. Co ciekawe, bagaż nie musi mieć ściśle określanej wagi do 10 kg. Można przekroczyć nieco tę wagę, jedyną, ważną rzeczą jest to, że musi on pasować do luku, umieszczonego w górnym schowku. Ponadto linia lotnicza Air Malta pozwala swoim pasażerom na zabranie dodatkowego obciążenia w postaci 2 kg, które można umieścić pod siedzeniem. Jest to specjalny rodzaj bagażu, umożliwiający przewożenie aparatu, netbooka lub tabletu. Nie może on jednak przekroczyć wymiarów: 40 x 30 x 15 cm. Co istotne, w bagażu podręcznym linii lotniczych Air Malta, nie mogą znaleźć się ostre przedmioty, np. żyletki lub pilniczek do paznokci. Jeśli chcemy przewozić kosmetyki lub napoje, pamiętajmy, że musimy zmieścić się w limicie 100 ml produktu.